I.sz. 2029-ben játszódik a történet, tehát a Ghost in the Shell – Arise 4. része után.

Ahogy azt megszokhatták a szériát ismerők, a történet csavaros, meglepetésekben bővelkedő, sokszor több szálon futó eseménysorozat.
Nem maradhat ki belőle a lényeges gép-ember vívódás sem.

A film kezdetén Kusanagi Motoko őrnagy, a 9-es közbiztonsági részleggel szövetséges, de mindenkitől lényegében független csapata képviseletében tárgyal Osamu Fujimotóval, az aktuális japán miniszterelnök fiával. A háttérben egy hír megy a tévében, ahol éppen egy túszdráma zajlik. A tárgyalás témája egy meg nem nevezett, de magas költségvetés folyósítása Kusanagi osztaga részére. Ezután természetesen elindulnak a túszdrámát felszámolni.
Akciójuk közben történik a "háború" óta legjelentősebb esemény japán történelmében. Természetesen ezen esemény felderítése Kusanagiék feladata lesz.